Pri liečení energiou reiki, liečiteľ prikladá ruky, ktorými prúdi energia, na sériu pozícii, ktoré tvoria liečebný proces. Táto energia pôsobí na všetkých úrovniach – fyzickej, emočnej aj duševnej. Pri liečení napríklad bolestí hlavy, môže súčasne liečiť aj ďalšie orgány a pôsobiť na iných úrovniach než na fyzických. Napríklad, ak má liečiteľ položené ruky na mieste bolesti, v tomto prípade na hlave, a ak je táto bolesť ( migréna) spôsobená napríklad tráviacimi problémami (často za bolesti hlavy môžu tráviace problémy), energia sa sama nasmeruje aj na oblasť tráviacej sústavy. Takto pôsobí reiki na fyzickej úrovni. Pokiaľ má bolesť hlavy emočný problém, ako napríklad stres, potom bude energia reiki lkiečiť na emočnej úrovni aj stres. A rovnako, ak sa príčina bolesti hlavy nachádza na duševnej úrovni, bude energia reiki liečiť aj túto úroveň bez ohľadu na to, či sa klient s týmito problémami zveril alebo nie. Takže na reiki je výnimočné to, že neodstráni iba bolesť, ale aj jej zdroj. Pokiaľ si klient dá na bolesť hlavy tabletku, samozrejme bolesť sa na určitú dobu zmierni, alebo odznie, ale pokiaľ príčinou bolesti boli problémy s trávením, v takom prípade sa bolesť hlavy vráti. Ak sa bolesť hlavy lieči reiki, tá pôsobí na skutočné príčinu bolesti.
